بنای این مدرسه در دو طبقه و در چهار ضلع دارای چهار ایوان به سبک معماری عهد صفویه ساخته شده که بیش از 100 حجره را در خود جای داده است و سبک و سیاق معماری در این بنا بسیار جالب توجه است و مانند تمام مدرسه‌ها و مساجد دارای یک ایوان ورودی است که در معماری ایرانی به منزله آغوشی باز برای پذیرش مراجعه‌کنندگان است.
مدرسه عباسقلی خان به طور کامل با آجر ساخته شده و تزئیناتی اعم از کاشی‌کاری و مقرنس‌کاری در سردر ورودی ایوان‌ها، حجرات و ورق‌ها به چشم می‌خورد . سردر این مدرسه در جریان توسعه حرم مطهر و تعریض خیابان نواب صفوی، بدون تخریب شکل ظاهری به عقب کشیده شد و در حال حاضر در حاشیه ضلع جنوبی خیابان واقع شده است.
مساحت کلی این مدرسه سه هزار و 200 متر است؛ نمای بیرونی این بنا نیز تا ارتفاع 1.5 متری به وسیله ازاره سنگی و بالاتر از ازاره به صورت ترکیبی از کاشی، آجر و کاشی هفت‌رنگ تزئین شده است.
ایوان ضلع قبله به لحاظ تزیینات شاخص‌تر از سایر ایوان‌ها است به طوری که علاوه بر مقرنس‌بندی‌های شاخص، کتیبه‌ای از آیات قران دورتا دور ایوان دور می‌زند، هم‌چنین مدرسه عباسقلی خان دارای سه ایوان بزرگ است که برای تدریس و برپایی مجالس درس ساخته شده بود.
این مدرسه دارای یک کتاب‌خانه نیز هست که سید‌حسن محدث آن را تاسیس کرده و کتاب‌های اولیه آن را فردی به نام سیدعلی بهشتی وقف آن نموده و سپس کتاب‌های دیگری به این کتاب‌خانه اضافه شده است.
مدرسه عباسقلی خان در خیابان نواب صفوی واقع شده و جزء بناهای مربوط به حرم مطهر رضوی است، هم‌چنین این مدرسه امروزه از مدارس حوزه علمیه مشهد به شمار می‌آید.
