حضور در اماکن مقدس می‌توانست به حفظ جان معترضین یاری‌رسان باشد و تجربه مشروطیت نیز صحه بر این دیدگاه می‌گذارد. وانگهی، ضربه گوهرشاد به نوعی طومار این شیوه سنتی از اعتراض جامعه ایرانی را پیچید و برای مدتی نیز اعتراض به اقدامات دولت و سلطنت از رهگذری به غیر مذهب شیعه توسط جامعه بیان می‌شد.
وانگهی آنچه را که می‌توان به عنوان سرآغاز واقعه نامید، سفر 40 روزه رضاشاه به ترکیه در سال 1313 و بازدید از جمهوری تازه‌بنیاد آتاتورک است. پس از این سفر و بازدید از جامعه جدید و رو به ترقی ترکیه، عزم رضاشاه برای انجام بسیاری از امور جزم شد، از جمله تأسیس دانشگاه، تأسیس فرهنگستان ایران، تغییر کلاه پهلوی به کلاه شاپو و از جمله قانون کشف حجاب. از قضا، تصمیم رضاشاه به تغییر کلاه پهلوی به کلاه شاپو، آن علت اصلی است که شعله اعتراض را در میان مردم برافروخت. هرچند که زمزمه تلاش برای تغییر حجاب و یا اعمال تغییرات گسترده مشابه البسه مردان در خصوص البسه زنان در میان مردم پیچیده بود که در اثر سخنان و وعاظ در دل تحصن به میان مردم سرایت یافت. وانگهی بایستی در نظر داشت که قانون کشف حجاب در دی‌ماه آن سال رسمیت یافت و پیش از آن، اقدامی در راستای زدودن حجاب بانوان در عرصه اجتماع رخ نداده بود.
در حقیقت بر حسب ویژگی‌های جغرافیایی و باورهای سنتی جامعه، مردان ایرانی همواره با پوشش‌های متنوع اعم از عمامه، دستار، عرق‌چین و کلاه پوستی اقدام به پوشاندن سر خود می‌کردند. پس از جلوس رضاشاه به تخت شاهی و عزم وی به تغییر ساخت جامعه جهت کاهش قدرت‌های درون اجتماع به سود قدرت دولت، اقدام به تغییر لباس مردان جامعه و از جمله پوشش سر نمود. در این بین، ابتدا کلاه نظامیان فرانسه با نام «کلاه پهلوی» به عنوان کلاه رسمی مردان به خصوص برای شاغلان در سیستم بروکراتیک دولتی معین گشت. در این بین نیز شهربانی جهت فراگیری تصمیم مزبور به میان عامه مردم، با متخلفین برخورد می‌کرد.
پس از سفر رضاشاه، او متوجه رواج استفاده از کلاه شاپو در میان غربیان گشت و پس از بازگشت از ترکیه، چنان که پیشتر بیان شد، تمایل به تغییر کلاه یافت. علت اصلی که می‌توان از دل سخنان رضاشاه و وزرا و نزدیکان دولت فراچنگ آورد، مشابهت میان جامعه ایرانی با جوامع غربی اروپایی است. مخبرالسلطنه نقل می‌کند: «در ملاقات، روزی رضاشاه کلاه مرا برداشت و گفت حالا این چطور است؟ گفتم فی‌الجمله از آفتاب و باران حفظ می‌کند، اما آن کلاه که داشتیم( پهلوی) اسمش بهتر بود. آشفته چند قدمی حرکت فرمودند و گفتند آخر من می‌خواهم همرنگ شویم تا ما را مسخره نکنند».
در حقیقت رواج‌یافتن کلاه پهلوی در میان مردم با مقاومت کمتری صورت گرفت و علت آن را می‌توان ریشه در تشابه میان کلاه پهلوی و کلاه پوستین دانست. اما تغییر مجدد به کلاه شاپو، با مقاومت جدی روبه‌رو شد. علت اصلی که دولت پهلوی در خصوص تصمیم خود بیان داشت، حفظ کارگران از گرمای آفتاب بود. از سویی آبراهامیان معتقد است که ترویج استفاده از کلاه شاپو جهت مشکل‌ساختن سجده برای نمازگزاران بوده است. می‌توان مخالفت مردم با این تغییرات را از قرار دادن نام «کلاه لگنی» به روی کلاه شاپو دریافت. البته تنها غربی بودن کلاه را نمی‌توان دلیل مخالفت دانست و تغییر مناسبات سیاسی- اجتماعی و میل رضاشاه به تمامیت‌خواهی و همچنین رفتار نامناسب با علما نیز جامعه را به سمت اعتراض و عصیان کشانده بود.
وانگهی این تغییر در کلاه در مشهد با مخالفت و مقاومت بیشتری روبه‌رو شده بود و این مخالفت، تردید در اجرای دستور را به میان دولت کشاند. می‌توان دو رأی مخالف یکدیگر را در زمینه اجرای دستور در میان مسؤلان خراسان دریافت؛ استاندار خراسان، فتح‌الله پاکران معتقد به استفاده از زور در راستای ترویج دستور دولت پهلوی بود و در نامه به شاه می‌نویسد: «… چاکر قادر به انجام نظر خود هستم در صورتی که از طرف نایب‌التولیه تحریک نشود…». وانگهی از آن سو نایب‌التولیه آستان قدس رضوی، محمدولی اسدی به سبب نزدیکی و مراوده با علما و همچنین اکتساب وجهی مردمی، با اجرای دستور مزبور در مشهد مخالفت می‌ورزید.
موضوع ترویج کلاه شاپو نیز در میان علمای مشهد با نگرانی دنبال می‌شد و جمعی از علما پس از شور و مشورت میان خود، تصمیم به گسیل نماینده‌ای از میان خود به حضور شاه گرفتند تا هم نسبت به سایر اقدامات متعارض با دین و هم ترویج کلاه شاپو اعتراض نموده و وی را از اقدام خود باز دارند. این جمع از روحانیون که در منزل آیت‌الله یونس اردبیلی مجتمع یافته بودند، آیت‌الله حسین طباطبایی قمی را به نمایندگی خود انتخاب نمودند. وانگهی، پس از رسیدن آیت‌الله قمی به شهر ری و استقرار در باغ سراج‌الملک، توسط عوامل دولت پهلوی دستگیر و ممنوع‌الملاقات شد.
در میانه گسیل و دستگیری آیت‌الله قمی، واعظی به نام شیخ محمدتقی بهلول که از روحانیان معترض به دولت پهلوی بود و از قضا شهر به شهر در خراسان جهت وعظ و خطابه به سفر مشغول بود، در شهر قائن از طریق مسافران شهر مشهد، متوجه عزیمت آیت‌الله قمی به تهران می‌گردد و جهت پیوستن به ایشان، راهی مشهد می‌گردد.
وی می‌گوید: «از مدت‌ها دنبال چنین مناسبتی می‌گشتم که یک مرجع از طرف دولت حمله بشود تا من به یاری او بشتابم». او در هنگام زیارت از حرم امام رضا(ع)، متوجه فضای متشنج حرم می‌گردد؛ وعاظ در هر گوشه برای جمعیتی از حصر آیت‌الله قمی می‌گویند و سعی دارند با بیان مسائلی پیرامون تغییر لباس و احتمال کشف حجاب، احساسات مذهبی جمعیت را تحریک نمایند. در حرم شایعه شده بود که آیت‌الله قمی را سراپا برهنه زنجیر کرده و نزد شاه برده‌اند. شاه او را فحش داده و به دست خود آنقدر کتک زده که به حالت مرگ افتاده است. بهلول متوجه می‌شود که جمعی از مردم از چند شب پیش در مسجد گوهرشاد تحصن نموده بودند، وانگهی جمعیت روز چهارشنبه 18 تیر 1313 بیشتر از مابقی روزها بوده و علت آن نیز دستگیری جمعی از بازاریان مشهد در حمایت از آیت‌الله قمی بوده است. بهلول نیز مترصد استفاده از فضا برآمد و آن گونه که در خاطرات شیخ محمد علمی اردبیلی، از دستگیرشدگان قیام گوهرشاد آمده است، دست به ایراد یک سخنرانی انقلابی و تند زد. وی می‌گوید: «بهلول در پایان یک سخنرانی تند و انقلابی با یک بیان وافی گفت: ای جماعت، فردا شب زن نیاید؛ منظورش این بود که فردا کسانی بیایند که از نظر دل و جرئت مرد و مردانه باشند… بهلول گفت: حاضرین به غایبین بگویند. فردا شب که شب پنجشنبه است در اینجا و در همین مسجد و روی همین منبر مطالب مهمی را برای شما خواهم گفت. هر کس نیاید از کیسه‌اش رفته البته می‌دانم فراموش نمی‌کنید». پس از ایراد سخنرانی نیز، جمعیت پراکنده شد و بهلول جهت گذراندن شب به منزل یکی از دوستانش رفت.
فردای آن روز اما بهلول به واسطه دعوت دیروز تحت تعقیب شهربانی قرار گرفت. او برای آنکه از دستگیری درامان بماند و بتواند خطبه در حرم بخواند، به حرم امام رضا پناه برده اما در آنجا توسط مأموران شهربانی شناسایی و دستگیر شد. وانگهی به سبب مقاومت زائران و مردم و پادرمیانی خادمان حرم، قرار بر این شد که بهلول به طور موقت در کشیک‌خانه حرم نگاه دارند و در زمان مناسب وی را از حرم خارج سازند.
زمانی که بهلول در کشیک‌خانه به سر می‌برد، زائران او را از پشت شیشه کشیک‌خانه شناسایی کرده و درصدد رهایی او برآمدند. بهلول نیز چون اوضاع را مساعد دید، به خود حالت گریستن گرفت. در این بین، نواب احتشام رضوی که ملبس به لباس روحانیت بود، با لباس جدید و کلاه شاپو به درون کشیک‌خانه رفت و با بهلول سخن آغاز کرد. او چون متوجه گشت که آیت‌الله قمی دستگیر شده است، به میان مردم آمد و گفت: «ای مردم بی‌غیرت، نزدیک پنج هزار نفر از چهار پلیس بهلول می‌ترسید؟ بریزید و عالم خود را آزاد کنید.لعنت بر کسی که این کلاه را بر سر ما گذاشت». سپس را کلاه را از سر برداشته و به زمین کوبید و به سمت کشیک‌خانه یورش برد. سپس جمعیت به وی ملحق شد و بهلول از کشیک‌خانه رها گردید و جمعیت وی را به روی منبر صاحب‌الزمان مسجد گوهرشاد قرار داد. بهلول می‌گوید: « وقتی من روی منبر قرار گرفتم، دست و پای خود را گم کردم. چرا؟ چون پیش‌بینی چنین منظره‌ای را نداشتم و نمی‌خواستم که شورش بشود… من که مردم را تهییج می‌کردم مقصودم این بود که دولتی‌ها از هجوم مردم بترسند و مرا آزاد گذارند…». او بر روی منبر خطاب به مردم بیان کرد: «مردم خوب کاری نکردید که مرا این‌طوری آزاد کردید. اما اکنون عملی شده و ما نباید نرمی نشان دهیم یا حاج آقا حسین قمی را آزاد کرده و احکام اسلام را جاری کرده و یا همه کشته شویم». در پایان نیز از مردم درخواست عزیمت به منزل را نمود. جمع کثیری به منزل عزیمت کردند و بهلول با پاره‌ای از زائران دست به تحصن در صحن نو زدند؛ چرا که خوابیدن در مسجد مکروه بود.
.اما در سوی دیگر، نیروهای حکومتی تا پیش از آن که نایب تولیه مسجد گوهرشاد در زیر منبر بهلول و توسط مستمعین کتک نخورده بود، قصد ورود به ماجرا را نداشتند؛ چرا که هم سربازان و افسران مایل به هتک حرمت نبودند و هم آنکه تصور می‌شد نایب تولیه وقت به سبب روابط حسنه، مسئله را فیصله ببخشد. اما با ورود استاندار خراسان به ماجرا، اولین برخوردها با تحصن در مسجد در صبح جمعه 20 تیر آغاز شد. به سبب دستور شاه به پایان غائله در حداقل زمان ممکن، پاکروان، استاندار خراسان تصمیم گرفت از طریق مأموران مستقر در کلانتری دو که در اطراف حرم واقع بود، تحصن را شکسته و مردم را متفرق کنند. در صبح جمعه، متحصنین با صدای شیپور بیدار شدند که گویی علامت آغازیدن یک عملیات نظامی بود. ابتدا تعدای به میان متحصنین آمدند تا آنان را وادار به شکستن تحصن کنند اما جمعیت به رهبری بهلول خواسته سه‌گانه خود را اعلام کرده و نیز بیان داشته که تا تحقق شروط خود به تحصن ادامه خواهند داد. شروط اعلامی از سوی تحصن‌کنندگان چنین بود: تغییر ندادن کلاه، جلوگیری رفع حجاب و آزادی آیت‌الله قمی.
مأموران امنیتی که توان اجرای این خواسته‌ها را نداشتند، با دستور استاندار برای ختم غائله در هنگامی که تعداد متحصنین به کمترین مقدار می‌رسید، آماده حمله شدند. در بدو امر، فرمانده لشکر و رئیس شهربانی با دستور استاندار مخالفت نمودند؛ چرا که این فرمان از مرکز به آنان مخابره نشده بود. اما به سبب فشار استاندار و به ویژه متهم‌شدن رئیس شهربانی و تولیت آستان قدس به عدم گزارش به موقع واقعه، مجبور به اطاعت شدند.
در این بین، پس از دمیده‌شدن شیپور جمعی از مردم اطراف حرم سراسیمه به سمت حرم آمدند و قصد پیوستن به مردم را داشتند که با ممانعت مأموران امنیتی روبه‌رو شدند. بدین نحو، مأموران امنیتی در میان متحصنین و مردم بیرن از حرم در حالتی از محاصره قرار گرفتند. پس از صدور دستور حمله، سربازان به سمت متحصنین شلیک کردند. با آغاز حمله، هم مردم بیرون حرم به سمت سربازان یورش بردند و هم تعدادی از سربازان از وحشت آنچه که رخ داده، به مردم پیوستند و در نتیجه از سوی فرماندهی، دستور عقب‌نشینی صادر شد. در نهایت نه تنها غائله ختم نیافت بلکه به آن نیز دامن زده شد. در نتیجه استاندار، فرمانده لشکر و رئیس شهربانی به تلگرافخانه رفته و مراتب را به شاه گزارش دادند که از مرکز، دستور ختم غائله به فوریت صادر شد.
در روز شنبه، 21 تیرماه دوسوی ماجرا به دنبال پایان‌یافتن تحصن با حداقل درگیری بودند. در این بین مذاکراتی نیز در گرفت. میان احتشام رضوی و بهلول در نحوه مذاکره و سرانجام تحصن اختلاف وجود داشت و این اختلاف را می‌توان در سخنان رد و بدل‌شده آن روز دریافت. در خاطرات احتشام رضوی آمده است: «به شیخ بهلول گفتم: مردم بیچاره نباید کشته شوند، این مسامحه فعلی دولت نیز نظیر حمله دیروز و عقب‌نشینی قشون عملی مرموز است. فعلا مقصر اصلی جز من و تو کسی نیست. دولت هم به ما دو نفر نظر دارد. الساعه تکلیف دینی و وجدانی ما این است که عملاً فداکاری نماییم… اول این مردم باایمان و مظلوم را زنده به خانه‌هایشان بفرستیم. من و تو هم رسماً تسلیم شویم». او در ادامه بیان می‌دارد که نه تنها بهلول با پیشنهاد وی مخالفت نمود بلکه عده‌ای را به کشتن احتشام رضوی تحریک نمود. در خاطرات احتشام آمده است که علمایی که به طوع یا اجبار به درون تحصن آمده بودند، شرط کردند که منبر جز در اختیار عقلای جمع قرار نگیرد تا سخنان تحریک‌آمیز از آن گفته نشود، کسی هم پِی ماجراجویی نباشد و در طی تلگرافی به شاه، آنچه که در صبح گذشت به اطلاع مرکز برسد و تا دریافت جوابیه آن صبر پیشه کنند.
در این بین در خصوص چگونگی و چرایی مذاکره احتشام رضوی با نمایندگان دولت محل اختلاف است. بهلول می‌گوید که احتشام به طمع وعده نایب تولیتی آستان قدس دست به مذاکره زد اما خود احتشام می‌گوید که او قصد مذاکره نکرد بلکه به درخواست سرلشکر مطبوعی و از طریق پدرش صورت گرفت. در این دیدار، سرلشکر مطبوعی متن تلگراف رضاشاه را به احتشام نشان داد و بیان کرد: « آقای نواب این دستور تلگرافی که با تمام تشریفات نظامی از طرف اعلیحضرت به نام ریاست عالیه قوا دستور داده… تا سه ساعت به غروب اگر تحصن‌کنندگان متفرق نشدند آستانه و مسجد را به شدت بمباران و منهدم سازیم و ساکنین این دو بقعه را نیز بدون استثناء بکشیم». او در ادامه از وی خواست که این غائله را پایان دهد. احتشام پس از بازگشت از مذاکره شرح واقعه را به بهلول گفت ولی بهلول علاوه بر مخالفت با ختم تحصن، به وی گفت: «اگر کلمه‌ای از آنچه گفتی با مردم حرفی بزنی تو را تکذیب و تکفیر می‌کنیم. این انقلاب به هر قیمتی هست…باید توسعه یابد».
از سوی دیگر، گروهی نیز نزد بهلول آمده و قصد مذاکره با وی را پیدا کردند. آیت‌الله آقازاده، فرزند آخوند خراسانی، در ابتدا بهلول را بابت اقدامات وی ملامت کرد و در ادامه به او گفت که آیت‌الله قمی دستگیر نشده است و اقدامات ضد اسلامی که نقل شده است، دستور شاه نیست. او از بهلول خواست که تحصن را پایان دهد اما بهلول شرط پایان غائله را بازگشت آیت‌الله قمی به مشهد دانست. در پایان نیز توافقاتی میان بهلول و هیئت نماینده صورت گرفت و قرار بر صبر شد تا هم پاسخ تلگراف شاه به متحصنین بیاد و هم آنکه آیت‌الله قمی به مشهد بازگردد؛ وانگهی بهلول معتقد بود که این توافقات تنها برای وقت خریدن جهت سرکوب متحصنین بود.
چنین اقداماتی و ورود علمای مذهبی محترم نظیر آیت‌الله آشتیانی و مذاکره با طرفین درگیری افاقه نکرد. تنها اقدام مثبتی که در صبح روز یکشنبه، 22 خرداد و پیش از حمله انجام شد، دعوت علمای حاضر در تحصن به دارالتولیه حرم به بهانه رؤیت تلگراف رسیده از شاه بود. بدین وسیله و با تلاش نایب تولیه آستان قدس، محمد ولی اسدی، جان علما حفظ شد. آیت‌الله شیرازی که از جمله امضاءکنندگان تلگراف به شاه بود، بیان می‌کند: «علما در آن شب در کشیک‌خانه مسجد بودند که اسدی مأموری فرستاد پیش آقایان که تشریف بیاورید در دارالتولیه که جواب تلگراف به اعلیحضرت آمده است».
بنا به گفته‌ها، از ساعت 16 روز شنبه، 21 تیرماه سربازان و ادوات نظامی به سمت حرم گسیل شد: « نزدیک ساعت 16 بعدازظهر از طرف خیابان تهران دو هنگ پیاده و هنگ سوار و توپخانه با تفنگ و گردان مهندسی و خلاصه هرچه سرباز در مشهد بود به مرور وارد خیابان شده و در دو طرف خیابان در کنار جوی نشسته و افسران آنها نزدیک عده ابواب‌جمعی خود ایستاده بودند. از ورود نظامیان حدس خوشی زده نمی‌شد و معلوم گردید اقدام شدیدی می‌خواهند بنمایند».
طبق خاطرات بهلول، در عصر روز شنبه گروهی از مردم بادیه‌نشین به متحصنین پیوستند که همراه خود مقادیری اسلحه گرم و سرد داشتند و باقی همراهان آنان از قوچان و نیشابور و تربت حیدریه در راه بودند. بهلول در چنین وضعیتی بر مقاومت اصرار ورزید. او بیان کرده است: «اینجانب چون به کمک نیروهای مردمی اطمینان داشته‌ام، تصمیم گرفتم که عقب‌نشینی نکنم، لذا به آماده‌سازی نیروها پرداختم پس در هر ورودی نیروهای مسلحی گذاشتم. مهم‌ترین در را به نواب احتشام رضوی سپردم».
نحوه آغازیدن حمله در خاطرات احتشام رضوی چنین نقل شده است: «سه ساعت از شب گذشت از دارالتولیه و آقایان علما که به منظور دریافت جوابیه رضاشاه به تلگراف هشت امضایی علما از سوی اسدی احضار شده بودند، خبری نشد، تحصن‌کنندگان همچنان در بلاتکلیفی به سر می‌بردند. درب‌ها و رواق‌ها و صحنین بسته شد. جمعی اطراف بهلول را گرفته می‌خواهند او را با لباس مبدل فراری دهند. قسمت اعظم محصورین خفته‌اند، تمام چراغ‌های برق مسجد خاموش شده، ناگهان درب حرم و برخی صحنین باز شد و نظامی‌ها آهسته و آرام در بام‌های مسجد گوهرشاد، گلدسته‌ها و نقاره‌خانه حرم موضع گرفتند. کامیون‌های زیادی برای حمل مقتولین و مجروحین در فلکه‌ها و خیابان‌ها مهیا کرده‌اند».
حجت‌الاسلام مرعشی، از دستگیرشدگان واقعه در خصوص نحوه آغاز حمله به مسجد بیان کرده است: « شش ساعت از شب که گذشت، صدای کلنگ از دو طرف با هیاهوی نظامی بلند شد. در عرض چند دقیقه درهای مسجد را خرد کردند و به داخل ریختند. مردم از هر طرف فرار کردند. اما از عقب درها آماج گلوله قرار گرفتند ، بقیه در مسجد دچار تیرباران شدند…چیزی که دیده می‌شد، زمین مسجد مالامال خون بود».
روزنامه نجات ایران نیز، واقعه را چنین روایت نمود: «… پس از این نظامیان و سربازها وارد مسجد شده و سه طرف مسجد را اشغال می‌کنند. آقای سروان دولو به جمعیت خطاب کرده اظهار می‌کند آقایان، اینجا مسجد است. احترام خانه خدا را نگه دارید. نگذارید خونریزی شود. درها باز است، بیرون بروید. کسی معترض شما نمی‌شود. مقصود دو نفراند: بهلول و احتشام. آنها نیز پس از بازجویی مرخص می‌شوند. در این اثناء از میان جمعیت پای منبر تیری گویا به جانب ایشان شلیک می‌شود…».
وانگهی براساس خاطرات بهلول، حمله ارتش به مسجد در ابتدا با مقاومت مردم روبه‌رو شد که خیانت احتشام رضوی سبب گشت که سربازان به داخل مسجد وارد شوند و آتش به روی مردم گشودند: «… نیروهای ما مقاومت سختی از خود نشان دادند اما ناگهان خیانت از نواب احتشام رضوی که فرماندهی در اصلی ورودی مسجد را به عهده داشت، رخ داد. او و افرادش تحت دستورش در را رها کرده و فرار نمودند که این در از کنترل ما خارج شد و راه هجوم دشمن به مسجد هموار گردید».
شخص بهلول در خاطرات خویش، شرح فرار خود را به همراه 25 نفر بازگو می‌کند و دلیل آن را پیوستن به نیروهای مردمی در راه بیان داشت. پس از فرار از مسجد، در خانه زنی ساکن شد و پس از آن با تغییر چهره و لباس، روانه افغانستان گشت.
تعداد کشته‌های این واقعه به طور مشخص معلوم نیست؛ چرا که پس از کشتار، سربازان تمامی کشته‌شدگان را در یک گور دسته‌جمعی در محله خشت‌مال‌ها و باغ خونی مشهد دفن کردند. وانگهی برخی اعدادی میان 22 تا 1750 نفر را مطرح ساخته‌اند.
